Sfp 102 nl

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/.zenodo.json

@@ -0,0 +1,69 @@
+{
+  "description": "",
+  "title": "Vinknip van vissen nemen en bewaren.",
+  "upload_type": "publication",
+  "access_right": "open",
+  "license": "CC-BY 4.0",
+  "language": "nld",
+  "keywords": [
+    "vinknip",
+    "weefselstaalname",
+    "DNA-barcoding",
+    "vissen",
+    "genetische staalname",
+    "veldprotocol"
+  ],
+  "publisher": "Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO)",
+  "contributors": [
+    {
+      "name": "Van Driessche, Charlotte",
+      "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
+      "orcid": "0000-0003-1606-8758",
+      "type": "contactperson"
+    },
+    {
+      "name": "Van Wichelen, Jeroen",
+      "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
+      "orcid": "0000-0002-0255-9591",
+      "type": "other"
+    },
+    {
+      "name": "Deflem, Io",
+      "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
+      "orcid": "0000-0002-9302-5367",
+      "type": "other"
+    },
+    {
+      "name": "Maesele, Rhea",
+      "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
+      "orcid": "0009-0009-6756-797X",
+      "type": "other"
+    },
+    {
+      "name": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
+      "type": "rightsholder"
+    }
+  ],
+  "creators": [
+    {
+      "name": "Van Driessche, Charlotte",
+      "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
+      "orcid": "0000-0003-1606-8758"
+    },
+    {
+      "name": "Halfmaerten, David",
+      "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
+      "orcid": "0000-0001-5105-6328"
+    },
+    {
+      "name": "Brys, Rein",
+      "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
+      "orcid": "0000-0002-0688-3268"
+    }
+  ],
+  "communities": [
+    {
+      "identifier": "inbo"
+    }
+  ]
+}

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/01_afhankelijkheden.Rmd

@@ -0,0 +1,49 @@
+# Afhankelijkheden
+
+```{=html}
+<!--
+Hier niets invullen.
+Indien er afhankelijkheden zijn deze invullen in de yaml sectie van `index.Rmd`
+-->
+```
+```{r dependencies}
+empty_table <- tibble(
+  protocol_code = character(),
+  version_number = character(),
+  params = character(),
+  appendix = logical()
+) %>%
+  add_row() %>%
+  rename(
+    `Protocolcode` = protocol_code,
+    `Versienummer` = version_number,
+    `Opgenomen als subprotocol` = appendix
+  ) %>%
+  pander(split.tables = Inf)
+
+if (exists("params")) {
+  if (!is.null(params$dependencies)) {
+    transpose(params$dependencies) %>%
+      as_tibble() %>%
+      mutate(protocol_code = as.character(protocol_code),
+             version_number = as.character(version_number),
+             params = as.character(params),
+             version_number = ifelse(params == "NA",
+                                     paste0("[", version_number, "](../",
+                                            version_number, "/", "index.html)"),
+                                     version_number),
+             appendix = as.logical(appendix)) %>%
+      rename(
+        `Protocolcode` = protocol_code,
+        `Versienummer` = version_number,
+        `Opgenomen als subprotocol` = appendix
+      ) %>%
+      pander(split.tables = Inf)
+  } else {
+    empty_table
+  }
+} else {
+  empty_table
+}
+rm(empty_table)
+```

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/02_onderwerp.Rmd

@@ -0,0 +1,23 @@
+# Onderwerp
+
+## Definities en afkortingen
+
+```{=html}
+<!--
+Definities van begrippen en afkortingen die noodzakelijk zijn om dit document te begrijpen en het protocol op een gepaste manier te kunnen uitvoeren.
+-->
+```
+## Doelstelling en toepassingsgebied
+
+<!-- description: start -->
+
+<!-- description: end -->
+
+```{=html}
+<!--
+Doelstelling: omschrijving in woorden waarvoor het protocol dient.
+Voorbeelden wat er met de gegevens kan gedaan worden.
+Probeer de doelstelling zo veel mogelijk generiek te beschrijven en vermijd projectspecifieke doelstellingen.
+Toepassingsgebied: bespreek hier onder welke condities het protocol kan gebruikt worden.
+-->
+```

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/03_beperkingen.Rmd

@@ -0,0 +1,9 @@
+# Beperkingen van het protocol
+
+```{=html}
+<!--
+Alleen in te vullen indien van toepassing.
+Bespreek onder welke condities het protocol niet gebruikt kan worden of wanneer afwijkingen nodig zijn ten opzichte van het standaard protocol.
+Vermeld hier ook mogelijke interferenties, knelpunten, ...
+-->
+```

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/04_principe.Rmd

@@ -0,0 +1,8 @@
+# Principe
+
+```{=html}
+<!--
+Korte omschrijving van de principes waarop het protocol gebaseerd is.
+Bijvoorbeeld het principe achter het nemen van mengmonsters, principe achter visueel inschatten van de bedekking van een plant, ...
+-->
+```

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/05_competenties.Rmd

@@ -0,0 +1,8 @@
+# Vereiste competenties
+
+```{=html}
+<!--
+Omschrijving van de basiskennis (bv. kennis van bepaalde soorten) en vaardigheden (bv. bepaalde apparatuur kunnen bedienen), die de gebruiker van het protocol moet hebben om het protocol op een gepaste manier te kunnen uitvoeren.
+Eventueel kan er verwezen worden naar bepaalde opleidingen.
+-->
+```

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/06_benodigdheden.Rmd

@@ -0,0 +1,31 @@
+# Benodigdheden
+
+## Apparatuur
+
+```{=html}
+<!--
+Opsomming van de apparatuur die nodig is en verwijzingen naar de `sip`'s (Standaard Instrument Procedure; `<protocol-code>-YYYY.NN`) indien die er zijn.
+Indien geen specifiek `sip`'s voorhanden, illustreer de toegelaten apparatuur met foto's, geef het exacte type apparatuur mee, ...
+-->
+```
+## Materiaal
+
+```{=html}
+<!--
+Opsomming van gebruikte materialen.
+Duidelijk aangeven welke materialen toelaatbaar zijn, welke volumes, afmetingen, materiaal, ... 
+Vermeld bijvoorbeeld niet staalnamepotje, maar wel: vierkant flesje, volume 250 ml, gegradueerd, vervaardigd uit `PE`, met afsluitbare deksel uit `PP`.
+-->
+```
+## Reagentia en oplossingen (indien van toepassing)
+
+```{=html}
+<!--
+Een opsomming van reagentia, welke zuiverheid, volume, veiligheidsvoorschriften.
+Bijvoorbeeld. Zwavelzuur (`H2SO4`), geconcentreerd (96%), pro analyse en veiligheidsinfo (sterk zuur, bijtend, gebruik handschoenen, bril en masker bij gebruik)
+Een opsomming van oplossingen, welke zuiverheid, volume, veiligheidsvoorschriften.
+Indien deze oplossingen zelf worden bereid, vermeld dan ook de bereidingswijze.
+bijvoorbeeld: Zwavelzuur `1M`: verdun zwavelzuur geconcentreerd 18 maal met `ultrapuur` water.
+Opgelet: giet altijd zwavelzuur bij water en nooit omgekeerd!
+-->
+```

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/07_werkwijze.Rmd

@@ -0,0 +1,23 @@
+# Werkwijze
+
+## Uitvoering
+
+```{=html}
+<!--
+Gedetailleerde omschrijving van alle stappen die doorlopen moeten worden om het protocol uit te voeren.
+Subtitels gebruiken om elke stap te omschrijven.
+-->
+```
+
+## Registratie en bewaring van resultaten
+
+```{=html}
+<!--
+Opsomming van alle resultaten die bekomen worden na de uitvoering van het protocol en hoe die resultaten geregistreerd, bewaard of opgeslagen moeten worden.
+Voor metingen of observaties: verwijs naar invulformulier (met versienummer; invulformulier toevoegen in bijlage; eventueel bepaalde zaken van invulformulier verduidelijken) en/of naar apparatuur en/of softwareprogramma indien gegevens digitaal worden ingevoerd (verwijs naar `sip` (standaard instrument protocol, `<protocol-code>-YYYY.NN`) indien beschikbaar; indien geen sip beschikbaar, geef de nodige instructies om gegevens op gepaste wijzen in te kunnen geven).
+Voor staalnames: geef aan hoe de stalen bewaard, gelabeld en vervoerd moeten worden.
+Geef aan of de stalen voorbehandeld moeten worden.
+Voor digitale foto’s en/of andere digitale bestanden: geef aan hoe en waar deze bestanden moeten worden opgeslagen.
+Geef eventueel aan welke bestandsnamen aan de bestanden moeten gegeven worden.
+-->
+```

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/08_kwaliteitszorg.Rmd

@@ -0,0 +1,10 @@
+# Kwaliteitszorg
+
+```{=html}
+<!--
+Vermeld alle acties bij het uitvoeren van het protocol om tot kwaliteitsvolle resultaten te komen.
+Daarnaast kan ook een checklist toegevoegd worden om na te gaan of alle stappen van het veldprotocol op een correcte manier doorlopen zijn (bv. Zijn alle velden in veldformulier ingevuld, zijn alle stalen gelabeld, ...).
+Indien er niet aan bepaalde kwaliteitscriteria voldaan wordt, kan er eventueel verwezen worden naar corrigerende maatregelen.
+In dit onderdeel kunnen ook bepaalde interkalibratie-oefeningen vermeld worden, die bijvoorbeeld voorafgaand aan elk veldseizoen worden uitgevoerd door de gebruikers van het protocol. 
+-->
+```

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/09_veiligheid.Rmd

@@ -0,0 +1,7 @@
+# Veiligheid
+
+```{=html}
+<!--
+Alle aandachtspunten in verband met veilig werken.
+-->
+```

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/10_samenvatting.Rmd

@@ -0,0 +1,9 @@
+# Samenvatting
+
+```{=html}
+<!--
+Een samenvattende opsomming van de te volgen stappen.
+Gebruik eventueel een stroomschema indien dit het protocol kan verduidelijken.
+-->
+```
+

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/11_referenties.Rmd

@@ -0,0 +1,6 @@
+# Referenties {.unnumbered}
+
+::: {#refs}
+\item
+:::
+

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/12_appendices.Rmd

@@ -0,0 +1 @@
+# (APPENDIX) Bijlagen {.unnumbered}

source/sfp/1_water/sfp_102_nl_vinknip/13_subprotocols.Rmd

@@ -0,0 +1,21 @@
+```{r, results="asis"}
+if (exists("params")) {
+  if (!is.null(params$dependencies)) {
+    mdfiles <- paste0(map_chr(params$dependencies, "protocol_code"),
+                      "-",
+                      map_chr(params$dependencies, "version_number"),
+                      ".md")
+    child_docs <- file.path(map_chr(params$dependencies, "version_number"),
+                            mdfiles)
+
+    child_docs <- child_docs[map_lgl(params$dependencies, "appendix")]
+
+    if (length(child_docs) > 0) {
+      res <- map(child_docs, knit_child, quiet = TRUE)
+      cat(
+        c("# (PART) Subprotocols {.unnumbered}", "", unlist(res)), sep = "\n"
+      )
+    }
+  }
+}
+```