braveji18 · Oct 13, 2026 · Sep 24, 2026
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
@@ -123,8 +123,13 @@ pipeline/hspc-velocity-benchmark/cross_dataset/BMMC_FAILED
 
 # 블로그 정리 초안(구글드라이브/JIRA용, 로컬 md 유지) — 2026-07-04
 blog_HSPC_velocity_lag.md
-# blog/ 폴더 전체(canonical=/workspace/blog + 구글드라이브, 생성물 00_*_blog_all.md·심링크 build_index.py 포함) — 로컬 유지
-blog/
+# blog/ — 2026-09-02 정본 이전. 서버 /workspace/blog 가 GPU 반납으로 사라져
+# 정정본이 로컬 백업 한 곳에만 남는 상태가 됐다(BIOP01-83). 블로그는 이미
+# Confluence 로 공개된 글이므로 이 저장소를 정본으로 삼아 이력·게이트를 붙인다.
+# 생성물과 낡은 내부 공지만 제외한다.
+blog/site/
+blog/SHARE_안내.txt
+blog/**/build_index.py
 
 # 세션 잡동사니(백업·jupyter collab db·인증 qr) — 커밋 대상 아님
 .jupyter_ystore.db

diff --git a/blog/00_all.md b/blog/00_all.md
diff --git a/blog/01_lag-vs-alpha.md b/blog/01_lag-vs-alpha.md
diff --git a/blog/02_five-checks.md b/blog/02_five-checks.md
diff --git a/blog/03_cross-dataset-replication.md b/blog/03_cross-dataset-replication.md
diff --git a/blog/04_reproducible-harness.md b/blog/04_reproducible-harness.md
diff --git a/blog/05_novelty-positioning.md b/blog/05_novelty-positioning.md
diff --git a/blog/06_self-adversarial-hardening.md b/blog/06_self-adversarial-hardening.md
diff --git a/blog/07_curvature-predicts-trust.md b/blog/07_curvature-predicts-trust.md
diff --git a/blog/08_no-rule-for-direction.md b/blog/08_no-rule-for-direction.md
diff --git a/blog/README.md b/blog/README.md
@@ -0,0 +1,52 @@
+# BIOP01 연구 블로그 — 정본
+
+HSPC velocity-lag 벤치마크 연구(크로마틴에서 전사로 가는 시간차와 전사 속도)를 비전공자도 읽을 수 있게 산문으로 정리한 글이다. 영문과 국문을 한 파일에 함께 둔다.
+
+## 이 폴더가 정본이다 (2026-09-02 이전)
+
+원래 정본은 협업 서버 `/workspace/blog/BIOP01/`이었고 이 저장소는 `blog/` 전체를 `.gitignore`로 제외했다. GPU 서버를 반납하면서 그 경로가 사라졌고, 정정본이 개인 백업 한 곳에만 남는 상태가 됐다. 그래서 이 저장소로 정본을 옮겼다. 경위는 JIRA BIOP01-83에 있다.
+
+블로그는 이미 Confluence로 공개된 글이므로 저장소에 두어도 새로 노출되는 것이 없다. 오히려 이력과 검수 게이트가 함께 붙는다.
+
+## 파일
+
+| 파일 | 내용 |
+|---|---|
+| `01_lag-vs-alpha.md` | 크로마틴이 전사를 미리 준비시킬까 |
+| `02_five-checks.md` | 재현되지 않는 결과를 스스로 검증하기 |
+| `03_cross-dataset-replication.md` | 조직과 종을 바꿔 본 재현 |
+| `04_reproducible-harness.md` | 분석을 하네스로 옮기기 |
+| `05_novelty-positioning.md` | 선행연구와 논문의 자리매김 |
+| `06_self-adversarial-hardening.md` | 우리 결과를 스스로 공격한 세 가지 분석 |
+| `07_curvature-predicts-trust.md` | 헤드라인이 될 뻔한 발견을 스스로 되돌린 이야기 |
+| `08_no-rule-for-direction.md` | 크로마틴 방향 규칙을 찾다가 세 번 실패한 이야기 |
+| `00_all.md` | 위 여덟 편을 순서대로 결합한 합본. **파생물이므로 개별 편을 고친 뒤 다시 만든다** |
+| `make_all.py` | 합본 재생성 스크립트. `python3 blog/make_all.py`, 검사만 하려면 `--check` |
+| `glossary.md` | 용어집 |
+
+## 게시 경로
+
+Confluence VC 스페이스가 공개본이다. 인덱스는 page 49545229이고 여덟 편이 그 자식 페이지로 붙어 있다.
+
+정정이 생기면 본문 전체를 갈아 끼우지 않고 **상단에 정정 배너를 붙인다**. 서식 손상 위험이 적고 오독 위험은 즉시 닫힌다. 배너 원문은 `docs/confluence_banners/blog0N_banner.html`에 두고, 적용은 아래로 한다.
+
+```
+source ~/.atlassian_env
+python3 scripts/confluence_prepend_banner.py <pageId> docs/confluence_banners/blog0N_banner.html \
+    --marker "정정 안내 (YYYY-MM-DD 게시본 갱신)" --dry
+```
+
+마커 텍스트가 이미 본문에 있으면 중복 삽입을 거부한다. 날짜가 다른 배너를 새로 붙일 때는 `--marker`로 그 배너의 문구를 넘긴다.
+
+## 규율
+
+- **수치와 주장은 연구 결과 원본에서만 가져온다.** 정본은 `pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/FINDINGS.md`와 `manuscript/draft_v2.md`이며, 블로그는 그 산문 판이다.
+- **원고에서 철회하거나 강등한 주장은 블로그에도 반영한다.** 2026년 8월에 이 동기화가 한 번 누락돼 철회된 주장이 공개본에 남아 있었다(BIOP01-83). 원고를 고치면 블로그도 같은 세션에서 본다.
+- **영문과 국문을 함께 고친다.** 한쪽만 고치면 같은 페이지 안에서 서술이 어긋난다. 실제로 8편에서 한국어 표의 두 행이 빠져 기전 설명이 영문과 반대로 적힌 적이 있다.
+- `00_all.md`를 직접 고치지 않는다. 개별 편을 고치고 `python3 blog/make_all.py`로 다시 만든다.
+  손으로 붙이던 때에는 개별 편을 고쳐도 합본이 따라오지 않아 7월 말 판이 한동안 남아 있었다.
+
+## 아직 남은 것
+
+- `site/` 브라우저판은 **다시 만들지 않는다**(2026-09-24 결정). 서버와 함께 사라졌고, 저장소에서 가리키는 곳이 한 군데도 없으며, `.gitignore`가 생성물로 제외하고 있다. 공개본은 Confluence이고 전체를 한 번에 건네야 할 때는 `00_all.md`로 충분하다. 두 벌을 유지하면 정정이 한쪽에만 들어가는 일이 또 생긴다.
+- 04편 본문이 개념도 위치를 `/workspace/skills/harness-concept/`로 가리키는데, 그 경로도 서버와 함께 없어졌다. 대체 위치를 정한 뒤 문구를 고쳐야 한다.
diff --git a/blog/glossary.md b/blog/glossary.md
@@ -0,0 +1,33 @@
+# BIOP01 블로그 용어집 — 한 용어 = 한 표현
+
+> `/blog` 스킬의 초심자 재작성이 따르는 프로젝트 용어집(규율은 `~/.claude/assets/blog/beginner-natural-writing.md` 3절).
+> 시리즈 전편에서 **같은 전문용어는 같은 초심자 표현**으로 옮긴다. 새 글·재작성은 이 표를 기준으로 삼는다.
+> 2026-07 BIOP01 14편 재작성에서 확정.
+
+| 원어/전문용어 | 초심자용 표현 | 비유(선택) |
+|---|---|---|
+| 분화 (differentiation) | 세포가 한 종류에서 다른 종류로 바뀌는 것 | |
+| 크로마틴 접근성 / ATAC / 크로마틴 열림 | (유전자 주변) DNA가 열림 / 열려 있음 | 서가의 자물쇠를 푸는 일 |
+| 전사 (transcription) / 유전자 발현 | 유전자가 켜져서 (RNA·단백질을) 찍어 냄 | 책을 펴서 읽는 일 |
+| lag | 시간차(lag) — DNA가 열리고 나서 유전자가 켜지기까지 걸리는 시간. 첫 등장만 병기, 이후 "시간차" | |
+| 전사율 α | 전사 속도(α) — 유전자가 켜졌을 때 얼마나 빠르게 찍어 내는지. 이후 "전사 속도" | |
+| method (velocity method) | 계산 프로그램 / 방법 (이름은 유지: "MultiVelo라는 프로그램") | |
+| robust / method-robust | 방법(프로그램)을 바꿔도 흔들리지 않는 / 튼튼한 | |
+| cross-method | 프로그램(방법)을 바꿔 견줄 때 | |
+| concordance / 일치도 / correlation ρ | (프로그램끼리) 답이 맞는 정도 = 일치도 (숫자 ρ는 그대로 표기) | |
+| pseudotime | 분화가 얼마나 진행됐는지의 순서(실제 시계 시간 아님) — 첫 등장 시 한 번 풀이 | |
+| 재현 (replication) | 다른 데이터에서도 같은 무늬가 나오는지 확인하는 일 ("가까운/먼 재현" = 조직·종의 거리) | |
+| gate / preflight | 관문 (무거운 작업 전 값싼 확인으로 될지 안 될지 먼저 가르기) | |
+| 음성 대조군 (negative control) / scrambled | DNA와 유전자의 연결을 일부러 끊어(뒤섞어) 결과가 무너지는지 보는 시험 | |
+| permutation FDR / 다중검정 | 유전자가 수천 개라 우연히 맞아 보일 수 있어, 라벨을 마구 섞은 "가짜 데이터"와 견줘 우연을 걷어내는 통계 | |
+| 동전 던지기 수준 | 방향이 우연 수준(~50/50)이라 의미 없음 | |
+| bootstrap | 같은 세포를 복원추출로 다시 뽑아 값이 얼마나 흔들리는지 보는 안정성 시험 | |
+| 후성유전 약물 (HDAC/DNMT/EZH2 억제제) | DNA 서열 자체가 아니라 그 열림/닫힘 상태를 건드리는 약 | |
+| confound / 교란변수 (cell cycle 등) | 진짜 원인이 아닌데 결과에 끼어드는 딴 요인 (예: 세포 분열 주기) | |
+
+## 보존 주의 (이 프로젝트의 hedge — 절대 격상 금지)
+
+- "시간차(lag)는 **계산 프로그램을 바꾸면** 재현되지 않는다(cross-method 비robust)" ≠ "시간차가 무의미하다" ≠ "MultiVelo가 틀렸다".
+- 단일 파이프라인 *안에서는* 시간차에 신호가 있다(bootstrap 안정성 등)를 지우지 않는다.
+- 유전자 유형 **M1/M2**(kinetic class)는 계산 프로그램(method)이 아니다 — "프로그램"으로 옮기지 말 것.
+- robust(방법 바꿔도 안 흔들림) ≠ 유용을 한 문장에 섞지 않는다. 상관을 인과로 올리지 않는다.
diff --git a/blog/make_all.py b/blog/make_all.py
@@ -0,0 +1,51 @@
+#!/usr/bin/env python3
+"""00_all.md 재생성 — 개별 편 01~08을 순서대로 결합한다.
+
+README 규율: `00_all.md` 는 파생물이다. 직접 고치지 말고 개별 편을 고친 뒤 이 스크립트를 돌린다.
+
+2026-09-24 신설. 그전에는 손으로 붙였고, 그래서 개별 편을 고쳐도 합본이 따라오지 않는 일이
+있었다(7/27에 멈춰 있던 사례, BIOP01-83). 결합 규칙은 당시 산출물에서 역설계해
+바이트 단위로 재현되는 것을 확인한 뒤 고정했다.
+
+실행: python3 blog/make_all.py [--check]
+  --check  파일을 쓰지 않고 현재 00_all.md 와 일치하는지만 본다(종료코드 1 이면 불일치).
+"""
+import glob
+import io
+import os
+import sys
+
+HERE = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
+OUT = os.path.join(HERE, "00_all.md")
+SEP = "\n\n---\n\n"
+HEADER = (
+    "# BIOP01 개발 블로그 — 전체 합본\n"
+    "\n"
+    "> 생성 2026-09-02. 개별 편 `01`~`08`을 순서대로 결합한 파일이다.\n"
+    "> 정본은 각 개별 편이며, 이 합본은 파생물이다. 개별 편을 고치면 이 파일을 다시 만든다.\n"
+    "\n---\n\n"
+)
+
+
+def build():
+    parts = sorted(glob.glob(os.path.join(HERE, "0[1-8]_*.md")))
+    if len(parts) != 8:
+        sys.exit(f"개별 편이 8개가 아니다: {len(parts)}개 — {[os.path.basename(p) for p in parts]}")
+    bodies = [io.open(p, encoding="utf-8").read().strip() for p in parts]
+    return HEADER + SEP.join(bodies) + "\n", parts
+
+
+def main():
+    text, parts = build()
+    if "--check" in sys.argv:
+        cur = io.open(OUT, encoding="utf-8").read()
+        if cur == text:
+            print(f"일치 — {len(text):,}자, 개별 {len(parts)}편")
+            return
+        sys.exit(f"불일치 — 현재 {len(cur):,}자 대 재생성 {len(text):,}자. 합본을 다시 만들 것.")
+    io.open(OUT, "w", encoding="utf-8").write(text)
+    print(f"wrote {OUT}  {len(text):,}자  (개별 {len(parts)}편)")
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    main()