Feature/1.x.x - #1130
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…项 alert; - next / eslint-config-next 16.2.6 → 16.2.12，核销 Dependabot #574-582： SSRF（GHSA-89xv-2m56-2m9x / GHSA-p9j2-gv94-2wf4）、中间件绕过（GHSA-6gpp-xcg3-4w24）、 Server Actions DoS（GHSA-m99w-x7hq-7vfj）等 9 条；修复门槛为 16.2.11，取 16.2 线 最新补丁 16.2.12 以多带一版累积修复，不跨 minor 避免无关框架行为变更 - 补齐 `packages: []` 的 pnpm-workspace.yaml——本工程已从根 workspace 解耦但缺失隔离 声明，是 ISSUE-175 所列同款入口中全仓最后一个敞口。本次恰好改动其 manifest，正是 事故链第一环（改嵌套 manifest → 顺手 install → 根 lockfile 静默被覆写），故一并钉死 - 本工程无 lockfile、不被任何 workflow 构建，改 manifest 即生效：本批未执行任何 pnpm install/add/update，根 pnpm-lock.yaml sha1 校验前后一致（06e898b1，13098 行） 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
…项 alert; - next / eslint-config-next 16.2.6 → 16.2.12（negentropy-ui / negentropy-wiki / cognizes-ui）：核销 #583-591 / #592-600 / #565-573 共 27 条，覆盖 SSRF、中间件绕过、 Server Actions DoS、缓存混淆、Image Optimization DoS 等；修复门槛 16.2.11，取 16.2 线 最新补丁多带一版累积修复 - @faker-js/faker ^9.0.0 → ^10.5.0（实解 10.6.0），核销 #687（GHSA-qxc2-j82w-r537， helpers.fake 可被利用为任意代码执行，<=10.4.0 全线受影响故 9.9.0 亦在范围内）。 跨大版本但唯一调用点 tests/ui/helpers/factory.ts 仅用 string.uuid / person.fullName / helpers.arrayElement / date.* / number.int / lorem.*，与 v10 移除清单零交集 - lockfile 完整性核对（ISSUE-175 教训）：overrides 块 17 条全在、importers 5 个不变、 next 两条 @babel/core peer 变体链（7.29.7 / 8.0.1）均保留、`@babel/core` override 上界 `>=7.29.6 <8.0.0` 未放宽；净减 70 行系 @babel/core 获得 (supports-color) peer 后缀导致的键合并，非依赖丢失；`pnpm install --frozen-lockfile` 通过 验证：cognizes-ui lint 0 error + tsc --noEmit 通过 + test:coverage 28 passed（含 faker 三个消费测试）+ build 通过；negentropy-ui lint（--max-warnings=0）+ typecheck + build 通过；negentropy-wiki lint 0 error + build（含 pagefind 索引）通过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 直接依赖抬地板：pypdf 6.13.3→6.17.0（10 条 DoS/无限循环/内存耗尽）、 pillow 12.2.0→12.3.0（13 条堆越界写/解压炸弹/命令注入） - gpu 组抬地板：transformers 5.8.1→5.16.1（CVE-2026-9856 save_pretrained 路径穿越）、 torch 2.12.0→2.14.0（CVE-2025-3000 torch.jit.script 内存破坏）。无上界阻断： sentence-transformers 5.5.0 仅要求 transformers<6.0.0 且不约束 torch - constraint 抬升 cryptography 49.0.0→50.0.1（GHSA-g6cj-pr64-35w5 Bleichenbacher oracle） - constraint 新增四条传递依赖地板：gitpython 3.1.50→3.1.61（18 条 git option/配置注入 RCE 与任意文件读写；travel-agent-demo → streamlit 传递，本仓零 `import git`）、 pyasn1 0.6.3→0.6.4（3 条 BER/CER/DER 解码器 DoS）、httplib2 0.31.2→0.32.0 （解压炸弹 DoS）、setuptools 81.0.0→84.0.0（CVE-2026-59890 MANIFEST.in 绕过） - 定向升级（--upgrade-package ×9）而非全量 --upgrade：lock 仅动 435 行且 docs 组 零位移（mkdocs/pymdown 变更 0 行），保持可 review 与可归因 验证：ruff check/format 通过（207 文件）；pytest tests/unittests/ 225 passed 2 skipped、 覆盖率 30.98% 过 20% 门；uv build + import cognizes 通过；六包运行时版本实测达标。 integration 套件 13 failed/110 passed —— 已用 git stash 在同一环境对拍确认与本次改动 无关（干净树同为 13 failed/110 passed，根因是 TracingManager.span 属性缺失与 tests/integration/mind 下 test_e2e.py 同名 basename 收集冲突，均为既存问题）。 已知验证边界：transformers/torch 的一手调用在 engine/perception/reranker.py，该模块 无单测。已尽力覆盖到 API 契约层——模块本身导入通过，且逐项验证 rerank() 实际调用的 AutoTokenizer/AutoModelForSequenceClassification.from_pretrained、tokenizer 四个 kwargs (padding/truncation/max_length/return_tensors)、SequenceClassifierOutput.logits 路径与 torch.no_grad/sigmoid 在 5.16.1 下均存在；未验证真实模型推理（需下载 bge-reranker-base）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 移除 [dependency-groups] docs（mkdocs / mkdocs-material / mkdocstrings），核销 #692（mkdocs-material DOM XSS）与 #618/#663（pymdown-extensions 路径穿越 + ReDoS） - 判定为死配置的三项证据：① 全仓零 mkdocs.yml；② CI 从不安装该组 （setup-python-uv 仅 `uv sync --group dev`），亦无任何 workflow/脚本引用； ③ src/ + tests/ + scripts/ 零 mkdocs 引用。项目文档站实为 negentropy-wiki（Docusaurus） - 相较升版本，删组从根消除这两个包及其 12 个传递依赖，同类告警不再复发 - lock 为纯删除（-215 行、0 插入），移除项全部属 mkdocs 依赖闭包，无其它包位移 验证：uv sync --frozen --group dev 通过；import cognizes 通过； pytest tests/unittests/ 225 passed 2 skipped——与删组前逐项一致，佐证该组无运行时作用。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- override 抬升 aiohttp 3.14.1→3.14.3：新增修复 GHSA-cq5v-8q36-5273（C 响应解析器 堆越界读）与 GHSA-mfx4-hv73-q22v / GHSA-mq44-7p77-q5h7（WebSocket 请求走私/未协商 压缩帧），核销 #641/#643/#645。override 机制不变：microsandbox==0.1.8 锁死 <3.11.0 仍需强制覆盖，只抬地板版本 - constraint 抬升 cryptography 49.0.0→50.0.1：GHSA-g6cj-pr64-35w5（PKCS#7 EnvelopedData 解密暴露 Bleichenbacher oracle，high），核销 #648。全仓零一手 import （authlib/google-auth/joserfc/presidio/pyjwt/pyopenssl 传递），且 perceives 已在 50.0.1 上验证过同构依赖者集合 - constraint 抬升 pyasn1 0.6.3→0.6.4：BER/CER/DER 解码器 3 条 DoS （GHSA-m4p7-r5rc-7g4j / GHSA-hm4w-wwcw-mr6r / GHSA-8ppf-4f7h-5ppj），核销 #559/#560/#626 - constraint 新增 setuptools>=83.0.0（82.0.1→84.0.0）：CVE-2026-59890（MANIFEST.in 排除规则被 Unicode 归一化绕过），核销 #558。此前无任何声明，经 spacy/thinc 传递 - 定向升级：lock 仅动 6 行；pyopenssl 26.3.0→26.4.0 随 cryptography 联动 验证：alembic 单 head（0099）；pytest tests/unit_tests/ 2941 passed、覆盖率 57.04% 过 50% 门；四包 import smoke 版本达标。integration 套件本地 116 failed/115 passed/ 90 errors——已对拍干净树基线逐项一致（共享 negentropy_test 累积脏数据所致的既存 环境问题，见记忆 test-db-accumulates；CI 每次起新容器不受影响），与本次改动无关。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- mcp 地板 >=1.6.0 → >=1.28.1,<2.0.0：核销 #501/#503/#505（CVE-2026-52869/52870/ 59950，MCP SDK http-transport 攻击面）。上界 <2.0.0：2.x 拆出 mcp-types/truststore 属未验证 major 迁移（uv 默认解 2.1.1，已退回 1.x 线）；alert 门槛 1.28.1，perceives 实跑 1.28.1，本批实解 1.29.1（1.x 线最新）。idna 3.16→3.19 随 mcp 子树联动 - 一手调用面 3 处（interface/mcp_client.py 三种传输、knowledge/mcp_server.py 的 FastMCP/StreamableHTTPSessionManager/TransportSecuritySettings、engine/sandbox/mcp.py）， 依赖要求逐条核对全部满足，与 aiohttp 完全解耦（mcp 走 httpx） 三层验证（对齐 ISSUE-092 的 CVE-2026-4372 验收范式）： ① 符号 + 真实构造——stdio 私有 API 7 符号（mcp_client.py 8 处引用）全在； FastMCP 四 kwargs（stateless_http/json_response/streamable_http_path/transport_security） 真实构造出 Starlette app；get_kb_mcp() 与 sandbox 构造路径不 mock 直接过 ② 定向单测 22 用例（test_mcp_client 5 + test_mcp_client_resources 4 + test_kb_mcp_server 13）全过；全量单测 2941 passed、覆盖率 57.04% 过门（与升级前逐项一致） ③ 真实 MCP 往返（合入前置）——httpx.ASGITransport 直打 create_kb_mcp_asgi_app()： tools/list 返回 200 且含 kb_search 工具清单；错误 bearer 401 拒绝。覆盖单测完全 mock 掉的 StreamableHTTPSessionManager.run() + stateless 路径（1.28+ 改动最多处） 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
… 并升级 datasets; - transformers 锁定根因纠偏（pyproject [tool.uv] 注释）：旧述「marker-pdf 1.10.2 / surya-ocr 0.17.1 在 5.x 崩（transformers.onnx）」已不成立——marker-pdf 2.0.0 / surya-ocr 0.22.1 均已适配 transformers>=5.12.1。真实阻断是二者同时要求 pillow<11， 与本项目 pillow>=12.3.0（修 8 条图像解析 CVE）直接冲突；perceives 直接解析不可信 PDF/图片故 Pillow 攻击面可达，而 transformers 零直接 import、仅加载第一方 artifact 故不可达——升级属负收益交换。mineru 3.0.9 的 transformers<5.0.0 仅 vlm/pipeline extra 生效，不构成约束 - 解锁条件迁移：从「等 marker/surya 适配 transformers 5.x」改为「等二者放开 pillow<11 上界」——跟踪对象不同，否则后来者会困惑「已适配为何仍锁」 - torch CVE-2025-3000 纠偏：upstream fix 2.13.0 已发布（原注释「暂无 fix」过时）， 改述为「有 fix 但受 marker/surya/docling-ibm-models/torchvision 四方联动约束」 - setuptools pin 注释纠偏：原述「undetected-chromedriver 依赖 pkg_resources」已证伪 ——实测 82.0.1 与 83.0.0 皆无 pkg_resources（上游早于 82 移除，复核 ISSUE-092 隔离结论）。维持 82.0.1：不为不可达 build-time 低危变更 build 后端版本 - 裁剪 6 条失效 ignore：fastmcp（CVE-2025-64340/CVE-2026-27124）与 litellm （CVE-2026-35029/35030、GHSA-69x8-hrgq-fjj8、CVE-2026-42271）注释停留在 3.1.1/1.80.0， 实锁已 3.2.4/1.85.0。实跑 pip-audit 确认两包零命中后删除，非凭版本号推断 - datasets 4.8.5→5.0.1：本次裁剪后暴露的新 advisory CVE-2026-66007（PYSEC-2026-3716， folder-based dataset builder 路径穿越任意文件读）。mlx-vlm 仅要求 >=2.19.1 无上界， 故直接升级而非新增 ignore 债 验证：ignore 数组经 bash -n 语法校验（56 条）；以 CI 原样命令复跑 pip-audit 退出 0——「No known vulnerabilities found, 10 ignored」；CI 参数复跑测试 （-n auto -m "not slow"）2130 passed，docling/mineru/marker 三引擎 worker 均真实 启动；mlx-vlm 在 datasets 5.0.1 下 import 通过。3 个 test_config 失败已对拍干净树 基线一致（本地 .env 使 concurrent_requests=32≠默认 16，CI 无该文件），与本次无关。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 记录 104 条 alert 人工核销的收口：100 条经升级消除，perceives 4 条走 dismiss - transformers 锁定根因纠偏：marker-pdf 2.0.0 / surya-ocr 0.22.1 已适配 transformers>=5.12.1（旧「transformers.onnx 崩溃」不再成立），真实阻断是二者 要求 pillow<11 与本项目 pillow>=12.3.0 冲突；附攻击面可达性对比论证 （Pillow 可达 vs transformers 不可达）说明升级为负收益交换 - 解锁条件从「等适配 transformers 5.x」迁移为「等放开 pillow<11 上界」， 避免后来者按旧条件追踪而困惑 - torch CVE-2025-3000 状态迁移留档：upstream fix 2.13.0 已发布，原「暂无 fix」 记录作废；此例印证本 Issue 既有防范条款「四元注释便于季度 review 识别可移除项」 - 记录本次 ignore 清单 review 结果（62→56 条）与 datasets 升级替代新增 ignore 的处理 - 沉淀三条方法论：「上游已适配≠可升级」须核对全部约束维度、安全债决策应比较 攻击面可达性而非 CVSS 分数、ignore 注释的「阻断原因」腐化快于 CVE 本身 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
上一提交把本工程钉成独立 pnpm workspace 根以阻断根 lockfile 覆写，但漏声明 allowBuilds——原生构建许可原本继承自根 workspace，隔离后不再传递。 实测（pnpm 12.2.1，本目录完整 pnpm install）：Error: ERR_PNPM_IGNORED_BUILDS， 被拦 @scarf/scarf / esbuild / sharp / unrs-resolver，退出码 1，且 pnpm 会往 pnpm-workspace.yaml 回写 "set this to true or false" 占位；根 pnpm-workspace.yaml 所载的 `cd … && pnpm install && pnpm dev` 因此卡在第一步。 注：作者侧大概率以 --lockfile-only 验证，该模式不执行构建脚本故退出 0，恰好掩盖此失败。 - 补齐四条许可，取值与根 workspace 一致（@scarf/scarf 保持 false，同为隐私考虑） - 未纳入根侧 msw：本工程不依赖，遵循最小声明 - 注释指向修正：原「运行方式见同目录 README.md」——该 README 为 create-next-app 原始样板，无 install 步骤亦未提隔离 workspace，改为就地写明安装运行命令 验证：修复后 pnpm install 退出 0、IGNORED_BUILDS 零命中；根 pnpm-lock.yaml 逐字节未变， 隔离目标保持有效；YAML 解析通过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
本分支已论证 transformers 锁定 <5.0.0 的真实阻断是 marker-pdf 2.0.0 / surya 0.22.1 要求 pillow<11，而非旧记的「marker-pdf / docling 兼容交集」；setuptools 保持 82.0.1 的理由亦已由「undetected-chromedriver 依赖 pkg_resources」改写为「已证伪」。但 CI ignore 清单中的四处注释仍停留在旧口径，与 pyproject、issue.md 相互矛盾。 CVE-2026-9856 条已承载完整根因，其余三处改为指针式引用，避免同一结论多处维护： - PYSEC-2025-211..218 / CVE-2026-4372 / PYSEC-2026-2290：删除「docling 兼容交集」 归因，统一指向 CVE-2026-9856 条；CVE-2026-4372 的「待交集支持 5.3.0+ 后升级」 同步改为「待 marker-pdf / surya 放开 pillow<11 上界」 - PYSEC-2026-3447：交叉引用由「见 pyproject，undetected-chromedriver 相关」改为 「见 pyproject setuptools 注释与 ISSUE-092 2026-09-06 增补」——照旧文跳转只会 读到相反结论 - ISSUE-092：「ignore 条目 62→56」订正为 34→28。negentropy-perceives-ci.yml 是 全仓唯一 --ignore-vuln 来源，实测本分支前 34 条、后 28 条（差值 6 正确，绝对值错位） 纯注释与文档变更，ignore 条目与 pip-audit 行为零改动。验证：YAML 解析通过； --ignore-vuln 实测 28 条，与订正后的 issue.md 记载一致；注释行宽与既有块保持齐平。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
…正 torch 阻断根因; 存量 4 条 Dependabot alert 逐条重新定性，不照单 dismiss——先问「能不能修」。 结论：setuptools 可修（本提交），torch/transformers 三条经实测确认不可修，已在 GitHub 侧 dismiss 为 tolerable_risk。 setuptools #555：由 ignore 改为升级 - 抬 setuptools>=82.0.1 → >=83.0.0（实解 84.0.0），删除 CI 中 PYSEC-2026-3447 的 ignore 及其 7 行注释（ignore 28→27） - 依据：① 上一轮隔离验证已证 82↔83 对本项目零功能差异；② negentropy / cognizes 两 app 早已跑 84.0.0，perceives 停在 82 属不对称；③ pip-audit 实跑对照——保留与 剔除该 ignore 两种配置匹配数同为 8、均 exit 0，证明它在 84.0.0 下已是死配置 - 修正上一提交「不为不可达低危变更 build 后端版本」的判断：存在零成本修复路径时， 消因优于记账 torch CVE-2025-3000：注释根因订正（不改依赖） - 原记「受 marker-pdf/surya/docling-ibm-models/torchvision 四方联动约束」经实测 不成立——以 constraint-dependencies 解析 torch>=2.13.0 时前三者版本纹丝不动 - 实测真实阻断：torch>=2.13 强制 torchvision 0.25.0→0.29.0（其 0.25.0 硬钉 torch==2.10.0），而 transformers 受 pillow 冲突钉死 4.57.6，二者在 docling engine worker 导入链上不兼容。同一条 parse-pdf：torch 2.10 → Success(757B)， torch 2.14 → Failed(cannot import name AutoProcessor)，连续两次确定性复现 - 据此回退 torch 升级、维持 2.10.0，注释改写为已验证的因果链 验证：uv lock --check 三 app 通过；真实 PDF 走 docling 全链路抽取 Success，与升级前 输出逐字节一致（仅 conversion_time 抖动）；pip-audit exit 0（8 ignored）； pytest -m "not slow" 2130 passed，3 个 test_config 失败经基线复跑确认为既存的本机 配置覆盖问题，与本变更无关。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
沉淀存量 alert 清零过程中的四项实测结论，其中两项推翻既有记载： - setuptools #555 由 dismiss 改判为升级：记录 pip-audit 双配置对照（保留/剔除 ignore 匹配数同为 8）作为「该 ignore 已死」的判据，以及「有零成本修复路径时 消因优于记账」这一对上一轮最小干预判断的修正 - torch #507：旧记「四方联动约束」证伪（constraint 解析下三个 PDF 引擎零位移）， 真实阻断是 torchvision 0.29 与 transformers 4.57.6 在 docling worker 的不兼容 - transformers #678/#499：pillow<11 冲突经 uv lock exit 1 与上游 METADATA 双重证实 - 附带订正：marker-pdf 1.10.2（当前锁定版）本身也声明 Pillow<11，现状已由 override 压过；准确表述应为「已验证组合换未验证组合」，而非「升 marker 会把 pillow 降级」 两条方法论增补（本轮踩坑所得）： - override-dependencies 会静默压过上游声明，故不能用它验证「某约束是否可行」， 必须用 constraint-dependencies（冲突即报错）——本轮曾因此得到 transformers 5.x 「能解析」的假象 - 验证必须走本项目真实调用路径：DocumentConverter 直调在 torch 2.14 下成功， 只有经 perceives engine worker 才失败，只测上游库会得出完全相反的结论 另记 GitHub 侧收口：dismiss #678/#499/#507，并刷新 #492/#343 两条历史 dismiss 的 陈旧 comment（原载已证伪的 transformers.onnx 口径）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
同步 base 最新提交（#1126 安全告警核销的 squash 结果、#1127 influence EP1 交付）， 解决 3 处冲突。 冲突成因：#1126 以 squash 方式合入 base，本分支保留原始提交历史，故本轮在同一批 文件上的后续修订与 squash 产物互斥。三处均取 HEAD（本分支的更新版本）： - apps/negentropy-perceives/pyproject.toml：setuptools>=83.0.0（base 侧为升级前的 82.0.1，其「不变更 build 后端版本」的理由已被本轮 pip-audit 双配置对照推翻） - .github/workflows/negentropy-perceives-ci.yml：保留 torch 根因订正（torchvision 0.29 与 transformers 4.57.6 在 docling worker 不兼容，实测 parse-pdf Success→Failed） 并保持已删除的 PYSEC-2026-3447 ignore 不被 base 侧恢复 - docs/.agents/issue.md：base 侧为空，取 HEAD 的第二轮取证增补 11 行 验证：CI YAML 与 pyproject TOML 解析通过；uv lock --check 一致；关键包落点不变 （setuptools 84.0.0 / torch 2.10.0 / marker-pdf 1.10.2 零位移）；CI ignore 27 条 与 issue.md 记载一致；pip-audit exit 0（8 ignored）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
…t-alerts fix(security): 存量 Dependabot 告警清零——setuptools 升级修复 + 3 条经实测定性的 dismiss
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