feat(1.x.x): PDF 高保真巡检闭环收敛 + 定义源 SSOT 入库 + 科普视频/动效生产线成型 + 全站 UI 规范对齐（81 提交聚合）

.agent/skills/pdf-fidelity-restore/SKILL.md

@@ -35,12 +35,17 @@ Markdown，并通过浏览器逐页对比将差异修复至完全一致。
 4. **等待完成**：轮询文档 `markdown_extract_status` 至 `completed`（失败则查 `markdown_extract_error` 并 `refresh_markdown` 重试）。
 5. **渲染核对**：在 Documents 页 View 渲染结果（react-markdown + remark-gfm/math + rehype-katex/raw/highlight/sanitize）。
 6. **逐页对比**：按上「一比一还原范围」逐页 / 逐模块比对源 PDF 与渲染 Markdown，逐条记录差异（页号 + 类别 + 现象）。
-7. **发现一处修一处（分层修复路由）**：
-   - **渲染层**：`DocumentMarkdownRenderer` / sanitize schema / `DocumentImage`（图片宽高、表格、KaTeX、代码高亮、figure/figcaption、TOC 锚点）。
-   - **摄取层**：图片链接重写、资产存储、元数据（`knowledge/ingestion/extraction.py`、`knowledge/_shared.py`）。
-   - **管线层**：perceives 引擎选型、分批边界、跨片合并（图片去重、边界图注补救）、图片分辨率与显示尺寸提取（`perceives/ops/pdf.py`）。
+7. **发现一处修一处（三杠杆分层修复路由 + 归因）**：每个缺陷先走「双源验证决策树」归因到杠杆/层，再定点改（单轮一个逻辑根因，≤3 文件 ≤2 杠杆）：
+   - **①工程代码·管线层**：perceives 引擎选型、分批边界、跨片合并（图片去重、边界图注补救）、图片分辨率与显示尺寸提取（`pipeline/stages/pdf/*`、`engine_selector.py`、`ops/pdf.py`）。
+   - **①工程代码·摄取层**：图片链接重写、资产存储、元数据（`knowledge/ingestion/extraction.py`、`knowledge/_shared.py`）。
+   - **①工程代码·导出层**：wiki 发布资产 bake / 链接重写（`knowledge/lifecycle/wiki_export_service.py`）。
+   - **①工程代码·渲染层 wiki**：`MarkdownRenderer.tsx` / `ZoomableImage` / `ResponsiveTable` / `CodeBlock` / sanitize schema（图片宽高、表格、KaTeX、代码高亮、TOC 锚点）。
+   - **①工程代码·渲染层 ui**：`DocumentMarkdownRenderer.tsx` / `DocumentImage` figcaption / `parsePixelValue` / `documentSanitizeSchema`（注意 wiki 与 ui 的 sanitize `style` 放行 / figcaption 行为不对称）。
+   - **②Skills 本体**：本 Skill 的规则集——发现的跨 doc 结构性 insight 回写此处（如「图注双源铁律」），升级归因路由表。
+   - **③流程自身**：巡检/还原流程的采样、评分、归因编排（慎改，影响面大）。
+   - **双源验证决策树（归因前必走，防误归到 perceives）**：Step A 缺陷在候选 Markdown 源码里？是→管线/摄取；否→渲染层或流程伪缺陷。Step B 图片链接形式判摄取/导出。Step C wiki 错还是 ui 错→render_wiki/render_ui；皆对仅旧模拟栈错→流程伪缺陷（不计分）。
    - **热更铁律（改 perceives `src/` 后必做，否则改动不生效）**：① 重启 perceives MCP 进程（Python 无热重载）；② 清 checkpoint `rm -rf <output_dir>/output/.batch_state/*`（auto_batch resume 按 PDF 内容 SHA-1 缓存切片，不清则复用旧切片、跳过新代码，且完成异常快）。
-   改后经 `refresh_markdown` 重摄取或重载页面（**已清 checkpoint**），复核该项。
+   改后经 `refresh_markdown(resume=false)` 重摄取（**清 checkpoint 全量重跑**）或重载页面，复核该项。
 8. **循环**：重复 6–7，直到逐页校验清单全绿；保留关键页源 PDF vs 渲染 Markdown 对比截图为证。
 
 ## 逐页校验清单
@@ -54,17 +59,22 @@ Markdown，并通过浏览器逐页对比将差异修复至完全一致。
 - [ ] 代码块语言识别与高亮正确
 - [ ] 脚注 / 注释完整
 
-## 关键洞察（R10 沉淀）
+## 关键洞察（R10 / 三杠杆改造 沉淀）
 
 - **auto_batch 切片间无共享可变状态**：引擎实例在 pool 复用时产物落盘目录须 per-call 唯一（`tempfile.mkdtemp`）；级联/册封类状态（如 `_first_h1_seen`）须显式接收 `slice_index`，否则跨切片泄漏（标题层级错乱 / 公式重现）。
 - **1:1 验收必须走到浏览器渲染态**：figure 过度捕获、KaTeX ParseError、公式双份等缺陷在 DB markdown 层不可见，仅浏览器渲染后暴露。
 - **figure 图注双源风险**：多数图注已烘入 figure region PNG 像素，故 wiki/ui **不得**再从 `alt` 渲染 `figcaption`（会双图注）；caption 语义由 `alt` 承载（无障碍 + 去重指纹），视觉由图内像素承载。
+- **三套渲染栈系统性差异**：旧 `_fidelity_render`（Python-Markdown 近似）/ wiki（react-markdown + remark/rehype）/ ui（另一套 react-markdown + sanitize）三栈不同——公式/Mermaid/figure/figcaption/图片尺寸/代码高亮会假阳性/假阴性。对照须用**真实 wiki 渲染栈**（巡检经 `patrol_wiki_env` 起 `next dev` 真页截图，非模拟渲染）。
+- **全绿率评分口径**：`score = round(pass_pages/total_pages×100)`（逐页校验清单全绿率），替代主观「100-Σ扣分」——CC 自评与 Judge 复核锁同一份程序化预筛 + defects，根治 ±20 振荡（ISSUE-128）。
+- **双源验证防误归因**：渲染层缺陷（候选 MD 正确、渲染器渲染错）会被误归到 perceives；归因前必走「候选 MD 源码层 vs 渲染层」双源决策树（见步骤 7）。
+- **inner-loop staging wiki 不 bake/serve 图片（V1 工具链限制，process 层 carve-out）**：`patrol_wiki_env publish-candidate` 仅写 entry Markdown、不烘焙资产；staging dev server（主仓 `negentropy-wiki`，`public/assets/` 无文档资产）对候选 MD 的 `./images/...` 相对引用返回 500/断图，`patrol_page_check` 报 `dom_broken_images=N`（且 Next SPA 对未匹配路由回退 200 HTML，curl 状态码会骗人，须看 content-type/PNG 头）。此为 **staging 工具链 V1 限制，非文档/渲染缺陷**——图资产本身忠实（全分辨率 PNG 落盘 `/.../images/`），生产经 `WikiExportService.export_single_entry(bake=True)` 烘焙到 `public/assets/{doc}/` 后由 ZoomableImage 正常渲染。**inner loop 见全图断 → 记 process carve-out（不扣分、不逐图排查）；图片保真改由 (a) 直接核对落盘 PNG 资产尺寸/完整性 或 (b) Real-Render Gate bake 后截图二选一坐实。**
 
 ## 反模式（严禁）
 
 - 跳过逐页核对即声明完成；
 - 只比文字而忽略图 / 表 / 公式 / 代码 / 注释；
-- 图片不还原原始显示尺寸（宽高）。
+- 图片不还原原始显示尺寸（宽高）；
+- 在 inner loop 对「全图断」（staging serving V1 限制）逐图排查或误归到 pipeline/render——context 耗尽根因；先认 staging carve-out，图片保真走资产直查或 Gate。
 
 ## 完成判据
 

.agent/skills/science-video-pipeline/SKILL.md

@@ -0,0 +1,35 @@
+---
+name: science-video-pipeline
+description: 把论文/综述做成动效图解科普视频的九阶段流水线（论文精读提取→策划→逐字稿 SSOT→双重校验→分镜→TTS 声音克隆→Remotion 场景实现→草渲抽帧 QA→终渲交付）。Use when producing or iterating an apps/negentropy-influence/episodes/*-video/ episode: narration.md, storyboard.md, IndexTTS voice cloning, Remotion scenes, frame QA, or final render; or when scaffolding a new episode.
+allowed-tools: Read, Write, Edit, Glob, Grep, Bash
+---
+
+# 科普视频制作流水线（导航壳）
+
+本 Skill 是路由层：内容 SSOT 在 `apps/negentropy-influence/pipeline/skills/01–09.md`，工具 SSOT 在
+`apps/negentropy-influence/pipeline/scripts/`，不在此复制任何正文（防第二事实源）。
+
+## 九阶段速查
+
+| Stage | 做什么 | 规格链接 | 工具/命令（编排入口 `pipeline.py`） | 通过门 |
+|---|---|---|---|---|
+| ① 信源精读取证 | **A 型论文**：并行子代理逐章 + 官方站点补充；**B 型文档/代码/课程站点**：固定提交取证 + 证据三级 | [01](../../../apps/negentropy-influence/pipeline/skills/01-source-extraction.md) | A 型 `paper_extract.py`（map/text/captions/find/render）；B 型 `source_ledger.py`（fetch/list/verify/sync/audit——sync/audit 消费系列级 [source-map](../../../apps/negentropy-influence/source-map/claude-code-explained.md)） | 全部断言可回溯；RISKY=0 |
+| ② 策划 | 受众/结构/视觉契约（色彩语义） | [02](../../../apps/negentropy-influence/pipeline/skills/02-planning.md) | — | planning.md 六节齐 |
+| ③ 逐字稿 | narration.md ★单一事实源 | [03](../../../apps/negentropy-influence/pipeline/skills/03-narration.md) | `pipeline.py build` | `build_narration.py` 通过 |
+| ④⑤ 双重校验 + 分镜 | 真实性回溯 + 易懂性；beat 覆盖性 | [04](../../../apps/negentropy-influence/pipeline/skills/04-verification.md) / [05](../../../apps/negentropy-influence/pipeline/skills/05-storyboard.md) | `pipeline.py check`（+`--check-scenes`） | RISKY=0；覆盖率无缺句 |
+| ⑥ TTS 配音 | 本人音色克隆（IndexTTS-2.5） | [07](../../../apps/negentropy-influence/pipeline/skills/07-tts-voice.md) | `pipeline.py tts --plan` | refs 指纹门 + 试听 + ETA |
+| ⑦ Remotion 场景 | 代码动画实现（动效走 `src/motion/` 运动模型，分镜动效列 `@动词` 标注） | [06](../../../apps/negentropy-influence/pipeline/skills/06-remotion-implementation.md) | `tsc --noEmit` + `node --test scripts/motion.test.ts` | 七条渲染红线 + 运动层铁律 |
+| ⑧ 草渲 + 抽帧 QA | 半分辨率快速迭代（`--beat-heads` 入场瞬态补盲；重制回归 `--compare`） | [08](../../../apps/negentropy-influence/pipeline/skills/08-render-qa.md) | `pipeline.py render` + `qa` | 自动体检零 FAIL |
+| ⑨ 终渲 + 交付 | 1080p30 + srt/vtt | [09](../../../apps/negentropy-influence/pipeline/skills/09-final-render.md) | `render --final` + `captions` | 实测时长在预算窗 |
+
+## 关键不变量
+
+- 逐字稿只改 `narration.md`；`narration.json`/`manifest.json` 是派生物。
+- **口播永不出现他集标题与集数序号**——顺序只在视觉层与 [series.json](../../../apps/negentropy-influence/series.json)（校验：`check_series.py`）。
+  多系列（顶层 `seriesList[]`）语义：反串线规则**跨系列全局**，顺序类规则**按系列内**判定。
+- **证据分级**：B 型信源里「他人对闭源产品源码的分析」属三级证据，口播必须带归属句，
+  不得表述为产品既成事实；活数据（行数、总量、star 数）不进口播。
+- 每集 `pipeline.toml` 是可执行参数的唯一来源；README 不复制命令行参数。
+- 时序常数只在 `video/src/timing.json`（timing.ts 与 Python 共读）；运动语汇（时长/缓动/弹簧/错峰）只在 `video/src/motion/`（frozen，改 = 模板 + 8 集同步）。
+- 声音样本是生物特征：不入库（`voices/refs.toml` 只存指纹），试听后即删。
+- 新集脚手架与复用边界（Python 集中 SSOT / Remotion 复制不共享）见 [pipeline/README.md](../../../apps/negentropy-influence/pipeline/README.md)。

.github/workflows/negentropy-perceives-ci.yml

@@ -201,6 +201,20 @@ jobs:
             # PYSEC-2025-211..218 同约束），待交集支持 5.3.0+ 后升级
             --ignore-vuln CVE-2026-4372
 
+            # transformers PYSEC-2026-2290（CVE-2026-5241）：LightGlue 模型加载路径 RCE——
+            # 恶意 config.json 覆盖 trust_remote_code=False 触发远程代码执行。与上方 CVE-2026-4372
+            # 同威胁模型：本项目仅加载第一方模型 artifact、不加载不可信 HF 仓库/config，攻击向量
+            # 不可达；且 upstream 无已发布修复版本（Last affected 5.2.0，fix 仅在未发布 commit），
+            # transformers 锁定 <5.0.0 亦受 marker-pdf / surya 兼容交集制约
+            --ignore-vuln PYSEC-2026-2290
+
+            # transformers CVE-2026-9856（GHSA-xrqw-3rrv-vx5w）：save_pretrained 路径穿越
+            # 任意写文件——需加载/保存恶意 HF 仓库模型触发。与上方 CVE-2026-4372 同威胁模型：
+            # 本项目仅加载第一方模型 artifact、不加载不可信 HF 仓库，攻击向量不可达；
+            # 修复版本 5.10.0，而 transformers 锁定 <5.0.0 受 marker-pdf / surya 兼容交集
+            # 制约（与上方 PYSEC-2025-211..218 同约束），待上游适配后升级
+            --ignore-vuln CVE-2026-9856
+
             # torch 2.10.0 本地内存破坏 / DoS，需攻击者构造恶意 tensor / pt2 文件；
             # 本项目仅加载第一方模型 artifact，无不可信输入路径，upstream 暂无 fix
             --ignore-vuln PYSEC-2025-189
@@ -217,6 +231,14 @@ jobs:
 
             # torch 2.10.0 CVE-2025-3000：本地内存破坏 / DoS，同上（需构造恶意 tensor；本项目仅加载第一方模型 artifact，upstream 暂无 fix）
             --ignore-vuln CVE-2025-3000
+
+            # setuptools PYSEC-2026-3447（CVE-2026-59890，CVSS 6.1）：MANIFEST.in 排除规则在
+            # macOS APFS/HFS+ 上因缺 Unicode（NFD/NFC）归一化被绕过，构建 sdist 时可能误打包应
+            # 排除文件（本地向量、需在受影响 macOS 文件系统上构建 sdist）。本项目 CI 在 Linux
+            # 构建（非 APFS/HFS+）、产物不含敏感文件，攻击向量不可达；修复仅在 setuptools 83.0.0，
+            # 为保持既有 82.0.1 运行时 pin（见 pyproject，undetected-chromedriver 相关）不变、
+            # 不为不可达低危 flaw 变更 build 后端版本，故此处 ignore 而不升级
+            --ignore-vuln PYSEC-2026-3447
           )
           uv run pip-audit "${ignore_args[@]}"
 

.github/workflows/twin-files-consistency.yml

@@ -0,0 +1,43 @@
+name: Twin Files Consistency
+
+# 孪生文件（逐字节副本）一致性校验 —— 横切关注点，正交于各 app CI。
+#
+# 某些模块因构建边界无法提为共享包，只能以逐字节副本形式在多处持有。
+# 副本的固有风险是单边漂移：改了一处忘了另一处，缺陷从此静默分叉。
+# 本 job 校验登记表内每组副本精确字节相等，漂移时打印统一 diff 指明同步方向。
+#
+# 登记表与判据详见 scripts/check_twin_files.py。pre-commit 侧有同名钩子做本地前置拦截；
+# CI 侧是兜底 —— 未装 hooks 或 --no-verify 绕过的提交仍会在此被拦下。
+#
+# fail-only：检测到漂移即阻塞合并，不自动同步（哪份权威取决于改动意图，机器不该代猜）。
+
+on:
+  pull_request:
+    paths:
+      - "scripts/check_twin_files.py"
+      - "apps/negentropy-wiki/src/components/markdown/remark-math-sanitize.ts"
+      - "apps/negentropy-ui/utils/remark-math-sanitize.ts"
+      - ".github/workflows/twin-files-consistency.yml"
+  push:
+    branches: [master, main]
+    paths:
+      - "scripts/check_twin_files.py"
+      - "apps/negentropy-wiki/src/components/markdown/remark-math-sanitize.ts"
+      - "apps/negentropy-ui/utils/remark-math-sanitize.ts"
+
+permissions:
+  contents: read
+
+jobs:
+  twin-files-consistency:
+    name: Twin Files Check
+    runs-on: ubuntu-latest
+    timeout-minutes: 3
+    steps:
+      - uses: actions/checkout@v4
+
+      - name: Set up uv
+        uses: astral-sh/setup-uv@v6
+
+      - name: Check twin files are byte-identical
+        run: uv run --no-project scripts/check_twin_files.py

.gitignore

@@ -293,3 +293,34 @@ benchmarks/runs/
 # PDF Fidelity Patrol 临时候选产物（评估用重转 Markdown，正常落 worktree 外暂存目录；
 # 此条兜底 agent 路径漂移误在 worktree 写候选的极端场景，确保其永不进 commit/PR）
 patrol-candidate.md
+
+# 科普视频工程（apps/negentropy-influence/episodes/<slug>-video）本地产物：
+# tts.py 逐句音频 + manifest、Remotion 渲染产物均环境相关，不入 git。
+# 注：工程内的 .gitignore 被上方根级裸 `.gitignore` 规则挡住无法提交，规则须维护在此处。
+# 通配到集：`*` 只吃一级目录名（= 分集目录），故**新增分集无需再改本文件**
+#   —— 此前逐集枚举导致新集的音频产物在补齐 5 行前完全未被覆盖。
+# `out/` 已由上方通用规则（第 223 行 `out/`，非锚定）覆盖，此处不再逐集重复。
+apps/negentropy-influence/episodes/*/video/public/audio/
+apps/negentropy-influence/episodes/**/*.mp4
+apps/negentropy-influence/episodes/**/*.mp3
+apps/negentropy-influence/episodes/**/*.wav
+
+# 声音克隆参考样本（apps/negentropy-influence/pipeline/voices/）：个人声音属生物
+# 特征信息，绝不入库。目录级忽略 + 白名单例外（README 与 refs.toml 指纹清单——
+# 后者只存哈希与生成参数，不含音频字节），防漏网音频格式（ogg/opus/wma 等）。
+# 注：必须写 `/*` 而非 `/` —— git 无法用 `!` 把被排除**目录**内的文件重新纳入。
+apps/negentropy-influence/pipeline/voices/*
+!apps/negentropy-influence/pipeline/voices/README.md
+!apps/negentropy-influence/pipeline/voices/refs.toml
+
+# negentropy-influence 的 uv 锁文件：该子项目**刻意不是可构建的 Python 包**
+# （pyproject.toml 无 `[project]` 表，全部脚本走 `uv run --no-project` + 调用点
+# `--with` 注入依赖），故它不该有锁文件。但漏打 `--no-project` 时 uv 会当场把本
+# 目录当项目根，生成 `uv.lock` 与 `.venv/`——后者已由上方通用 `.venv` 规则覆盖，
+# 前者没有，于是留下一个**可提交**的产物，一旦入库就与「不参与任何 uv workspace」
+# 的声明直接矛盾。
+# ⚠️ 必须逐路径锚定：兄弟子项目（negentropy / negentropy-perceives / cognizes）
+# 的 uv.lock 是**受版本控制的依赖 SSOT**，裸 `uv.lock` 规则会把它们一起吞掉。
+# 执法（双向：本条命中 + 兄弟三份不被误伤）见
+# apps/negentropy-influence/pipeline/tests/test_subproject_hygiene.py。
+apps/negentropy-influence/uv.lock